学校简介自1968年成立以来，马德里自治大学就孕育了强大的科研氛围。最初设立的五个院系——科学学院、法学院、文学院、医学院和经济商学院，逐渐集中在现在的主要校区Cantoblanco于1971年10月25日投入使用。学校环境优美，占地面积达2,252,000平方米，其中居住区为766,630平方米，绿化园区有120,000平方米，而位于山坡上的一部分占据296,665平方米，是一片充满历史与现代气息的地方。
学术体系目前共有5个大学院：自然科学院、教育学学院、经济贸易学部、法律学部和哲学文学医药工程等专业。其中包括哲学、文学、科学研究领域以及医学相关课程。此外，还开设了多个校级硕士专业，如服务经济管理工商管理会计审计金融银行管理市场营销税务财政汉语文化日语文化社会文化研究拉美发展健康护理社会服务质量人力资源运动心理新闻生物技术环境优化法律等专业。
官方认可的硕士专业涵盖考古与遗产天体物理生物物理合同法企业法欧盟政府非洲国际关系拉美理论物理现代历史信息工程通信数学农业化学分子模拟等领域。在2016年的QS世界大学排名中，该校考古学专业位列50-100名。
入學要求本科生需完成中国高三毕业并通过西班牙教育部门转换成绩，同时具备西班牙语DELE B2水平；而硕士生则需要本科或三年制大专毕业，并且具备相同语言水平。此外，一些课程还提供奖学金支持，覆盖从10%到50%的学习费用，以及每月500-1000欧元的生活津贴。
此外，马德里自治大学是最早与中国高校建立交流合作关系之一，为两国高等教育合作做出了重要贡献。该校还计划在北京成立塞万提斯学院，并争取将孔子学院设立于其内，以促进两国之间更深层次的人文交流。
